Programa de Pós-graduação

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MECANISMOS DE REAÇÕES EM SISTEMAS BIOLÓGICOS, DINÂMICA MOLECULAR REATIVA, INTERAÇÕES DE VAN DER WAALS E DINÂMICA NUCLEAR QUÂNTICA PDF Print E-mail
Written by Mauricio Domingues Coutinho Neto   
Thursday, 17 June 2010 14:00

Prof. Mauricio Domingues Coutinho Neto

As tópicos abordados nas linhas de pesquisa se encontram nas áreas de interface entre a química, a biologia e a física. Os projetos versam sobre a determinação do mecanismo de funcionamento de um motor molecular, uma enzima anti-oxidante e sobre a inclusão de efeitos de dispersão em funcionais DFT.

A proteína motor SecA presente no sistema secretor da maioria das bactérias esta sendo estudada por métodos de dinâmica molecular clássicos e métodos mistos quanto mecânicos/ molecular mecânicos (QMMM). Estudos de dinâmica molecular revelaram um possível mecanismo para o armazenamento de energia quando o ATP é inserido no centro reativo da proteína motor. Estudos em andamento visam validar os resultados do estudo de dinâmica molecular via cálculos QM/MM e também relevar o mecanismo de hidrólise do ATP responsável pelo ciclo motriz da proteína.

A inclusão de efeitos de dispersão em funcionais DFT esta sendo feita através do uso de potenciais atômicos efetivos. A motivação deste projeto baseia-se na incapacidade dos funcionais tipo GGA para a descrição de efeitos de dispersão em sistemas moleculares. Em publicação recente o uso de DCACP (dispersion corrected atom centered potentials) descreveu com sucesso a estrutura de complexos ligados por forças de dispersão, como por exemplo o empilhamento (stacking) de anéis aromáticos e hidrocarbonetos instaurados. Este projeto visa o estudo sistemático para a inclusão da descrição dos efeitos de dispersão em diferentes funcionais da densidade (BLYP, PBE, LDA) e também a extensão da biblioteca DCACP para espécies atômicas relevantes na descrição de sistemas biológicos. A descrição correta de efeitos de dispersão é fundamenta para a determinação estrutural de sistemas biológicos, como por exemplo o DNA.

Publicações Relevantes

The ground state tunneling splitting and the zero point energy of malonaldehyde: A quantum Monte Carlo determination. Viel, Alexandra ; Coutinho-Neto, M. D. ; Manthe, Uwe . Journal of Chemical Physics, v. 126, p. 024308, 2007.

Library of dispersion-corrected atom-centered potentials for generalized gradient approximation functionals: Elements H, C, N, O, He, Ne, Ar, and Kr. Lin, Ic ; Coutinho-Neto, M. D. ; Felsenheimer, C. ; Lilienfeld, Otto Anatole Von ; Taternelli, Ivano ; Rothlisberger, Ursula . The Journal of Physical Chemistry. B, Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical, v. 75, p. 205131, 2007.

Weakly Bonded Complexes of Aliphatic and Aromatic Carbon Compounds Described with Dispersion Corrected Density Functional Theory. Tapavizca, Enrico ; Lin, Ic ; Lilienfeld, Otto Anatole Von ; Tavernelli, Ivano ; Coutinho-Neto, M. D. ; Rothlisberger, Ursula . Journal of Chemical Theory and Computation, v. 1, p. 100-1, 2007.

Last Updated on Wednesday, 04 August 2010 17:19
 

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